Với định hướng đầu ra cho học sinh Trường THPT Phùng Khắc Khoan, từ năm học 2017-2018 Nhà trường xây dựng chương trình đào tạo theo định hướng trên. Nhà trường cam kết chuẩn đầu ra theo 3 định hướng, cụ thể là:
- Định hướng đầu ra dành cho học sinh thi Đại học tại Việt Nam
- Định hướng đầu ra cho học sinh xét tuyển vào Chương trình học bổng theo chính sách TÂN HƯỚNG NAM của chính phủ Đài Loan.
- Định hướng đào tạo cấp 2 văn bằng trong thời gian đào tạo THPT (Bằng THPT và Trung cấp)
Đối với 03 định hướng trên Nhà trường luôn đảm bảo chất lượng đào tạo Bậc THPT theo chương trình THPT Quốc Gia, đồng nghĩa với việc này Nhà trường cam kết bằng văn bản với Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội như sau:
